Để thực hiện Năm quốc tế hành tinh Trái đất, ở cấp quốc tế đã thành lập Ủy ban quốc tế về Năm quốc tế hành tinh Trái đất. Ủy ban gồm hai bộ phận: Hội đồng và Ban thư ký. Hội đồng chịu trách nhiệm về việc ra quyết định và đại diện cho tất cả các bên tham gia, còn Ban thư ký chịu trách nhiệm quản lý các hoạt động hàng ngày theo sự chỉ đạo của Hội đồng. Cơ cấu này bắt đầu có hiệu lực từ 1 - 1 - 2007.
Nhiệm vụ của Ban thư ký do Cục Địa chất Na Uy đảm nhiệm, được lựa chọn thông qua đấu thầu vào tháng 5 - 2006. Giáo sư Eduardo de Mulder, thuộc Cục Địa chất Hà Lan, nguyên là Chủ tịch Liên hiệp Địa chất quốc tế, được chọn là Giám đốc điều hành Ủy ban quốc tế Năm quốc tế hành tinh Trái đất.
Trong Ủy ban quốc tế Năm quốc tế hành tinh Trái đất phân ra các Ban Chương trình Khoa học, Ban Chương trình Quảng bá, Ban Phát triển và Ban Cố vấn.
Tham gia Ủy ban quốc tế và các ban của Năm quốc tế hành tinh Trái đất gồm nhiểu tổ chức quốc tế và quốc gia khác nhau:
1) Liên hiệp Trắc địa và Địa vật lý quốc tế (IUGG)
2) Liên hiệp Địa lý quốc tế (IGU)
3) Liên hiệp Khoa học Trái đất quốc tế (IUGS)
4) Chương trình Thạch quyển quốc tế (ILP)
5) Cục Địa chất Hà Lan (TNO)
6) Hội Địa chất London (GSL)
7) Trung tâm Tham vấn và thông tin về đất quốc tế (IRIC)
8) Tổ hợp Hội Địa chất công trình quốc tế (IAEG), Hội Cơ học đá quốc tế (ISRM), Hội Cơ học đất và Địa kỹ thuật công trình quốc tế (ISSMGE)
9) Liên hiệp quốc tế về nghiên cứu Đệ tứ (INQUA)
10) Viện Địa chất Hoa kỳ (AGI)
11) Hội Địa chất dầu khí Hoa kỳ (AAPG)
12) Viện các nhà Địa chất chuyên nghiệp Hoa kỳ (AIPG).
Ngoài ra còn có 26 tổ chức đối tác hỗ trợ.
Ở cấp quốc gia, mỗi nước thành lập riêng Ủy ban quốc gia Năm quốc tế hành tinh Trái đất của mình. Sau khi thành lập, mỗi Ủy ban quốc gia sẽ ký một bản ghi nhớ thỏa thuận với Ủy ban quốc tế Năm quốc tế hành tinh Trái đất, ghi rõ mối quan hệ, sự phối hợp hành động, quyền lợi và trách nhiệm của mỗi bên, trong đó Ủy ban quốc tế kêu gọi các Ủy ban quốc gia đóng góp 3 % thu nhập của mình từ các nguồn trong nước cho các hoạt động của Ủy ban quốc tế.